根据自然资源部办公厅印发的《土地卫片执法图斑合法性判定规则》，对于《土地管理法》颁布实施后，在未经审批或无合法权源的建设用地上进行翻新、翻建、新建行为，应判定未新增非农建设违法用地。因此，对未办理用地手续的厂房进行翻新、翻建、新建，一经发现，须认定为违法用地。